Por Decreto del 4 de febrero de 1848, durante la presidencia de José María de Velasco, se crea el rubro de Culto, dependiente del Ministerio de Instrucción, y cinco años más tarde es transferido al Ministerio del Interior, situación que duró sólo cuatro mese,s para posteriormente volver a formar parte del de Instrucción.
Estos cambios se fueron sucediendo frecuentemente; el 17 de agosto de 1855 se anexa al del Interior hasta el 21 de septiembre de 1861, ese año pasa a depender nuevamente del Ministerio de Instrucción y, el 18 de octubre de 1862 es anexado al Ministerio de Gobierno con las siguientes atribuciones:
• Realizar todo lo referido al ejercicio del patronato nacional en las iglesias, beneficios y personas eclesiásticas.
• Conceder o negar el pase a los decretos de los concilios, las bulas, breves y escritos pontificios.
• Atender el buen servicio de las iglesias y del culto en general.
• Hacer la presentación de los obispos y arzobispos, escogiendo uno de los propuestos por el Senado.
• Elaborar el presupuesto del Culto para pasarlo al Ministerio de Hacienda.
• Nombrar los empleados del ramo y dictar su reglamento interno.
Por Decreto de 16 de febrero de 1869, se crea el Ministerio de Culto e Industria. Del 22 de junio al 22 de octubre de 1871, este ramo es agregado al Ministerio de Justicia. Posteriormente vuelve a depender del de Instrucción hasta el 23 de octubre de 1888, para luego ser anexado al de Relaciones Exteriores hasta el 30 de noviembre de 1908, fecha en la que el Ministerio de Instrucción vuelve a hacerse cargo del mismo.