Se crea por Decreto 1857 con el rubro de Justicia dependiente del Ministerio de Gobierno y pasa posteriormente a depender del de Instrucción, tiene por funciones:
• Hacer cumplir por medio de los agentes del Ministerio público las sentencias de los tribunales y conmutar la pena de muerte cuando hubiera mérito para ello.
• Vigilar la pronta y recta administración de justicia
• Establecer, conservar y mejorar las cárceles, presidios y casa de corrección.
• Construir, reparar y mantener las oficinas judiciales, resolver las peticiones y decretar los presupuestos que se hicieren al respecto.
• Ejercer la supervigilancia de los funcionarios del ramo judicial y del Ministerio Público.
• Expedir los títulos a favor de los funcionarios judiciales, nombrados con arreglo a la constitución.
• Nombrar a los funcionarios del Ministerio Público y otros dependientes de este ramo, con sujeción a ley.
El 29 de noviembre de 1861 pasa a depender del Ministerio de Industria y Relaciones Exteriores y el 30 de marzo de 1863 vuelve al Ministerio de Instrucción hasta el 22 de agosto de 1898. A partir de esa fecha se encuentra bajo la tuición del Ministerio de Gobierno.

Mediante Decreto Supremo Nº 29894 de 7 de febrero de 2009, Estructura Organizativa del Órgano Ejecutivo del Estado Plurinacional, se establecen las actuales atribuciones del Ministerio de Gobierno.
La estructura jerárquica del Ministerio de Justicia es la siguiente: viceministerio de Justicia de Justicia y Derechos Fundamentales, viceministerio de Justicia Indígena Originaria Campesina, viceministerio de Igualdad de Oportunidades, viceministerio de Defensa de los Derechos del Usuario y el Consumidor y viceministerio de Transparencia Institucional y Lucha Contra la Corrupción.